ห้องโถงต้อนรับซึ่งตั้งอยู่ที่มุมตะวันออกของเขตพระเจดีย์ชเวดากองเคยเป็นพิพิธภัณฑ์แห่งแรก เดิมทีห้องโถงนี้ใช้เก็บโบราณวัตถุอันทรงคุณค่าต่างๆ เช่น ทองคำที่ไม่ควรหลอมละลาย ศิลปะและหัตถกรรมดั้งเดิมของพม่า และโบราณวัตถุที่บริจาคกันมาหลายชั่วอายุคน จนกระทั่งประมาณปี พ.ศ. 2513 ห้องโถงนี้ทำหน้าที่เป็นคลังเก็บสิ่งของ ในขณะนั้นยังไม่มีพิพิธภัณฑ์แยกต่างหากสำหรับพระเจดีย์ชเวดากอง เมื่อจำนวนของสิ่งของที่จัดเก็บเพิ่มขึ้น ความจำเป็นในการจัดตั้งพิพิธภัณฑ์แยกต่างหากจึงชัดเจนขึ้น ในปี พ.ศ. 2519 ได้มีการร่างแผนการสร้างพิพิธภัณฑ์เฉพาะขึ้น ซึ่งนำไปสู่การก่อสร้างพิพิธภัณฑ์ขนาดใหญ่ ปัจจุบันห้องโถงต้อนรับนี้ใช้เป็นห้องจัดแสดงพระพุทธรูปโบราณของพระเจดีย์ชเวดากอง พิพิธภัณฑ์จัดแสดงศิลปะและหัตถกรรมดั้งเดิมของพม่า วัตถุโบราณอันทรงคุณค่า และพระพุทธรูปโบราณให้สาธารณชนได้สำรวจและชื่นชม เมื่อจำนวนสิ่งของจัดแสดงเพิ่มขึ้นเรื่อยๆ รวมถึงพระพุทธรูปสำคัญ 5 องค์ พิพิธภัณฑ์จึงเริ่มมีลักษณะคล้ายห้องเก็บของมากกว่าพื้นที่จัดแสดงนิทรรศการทั่วไป ในปี พ.ศ. 2529 คณะกรรมการมูลนิธิได้หารือกับผู้เชี่ยวชาญเพื่อริเริ่มแผนการขยายและสร้างพิพิธภัณฑ์แห่งใหม่ อย่างไรก็ตาม แผนการเหล่านี้ไม่ประสบผลสำเร็จ ในปี พ.ศ. 2532 รัฐบาลได้ริเริ่มโครงการสำคัญสามโครงการที่เกี่ยวข้องกับเจดีย์ชเวดากอง หนึ่งในนั้นคือการก่อสร้างพิพิธภัณฑ์เจดีย์ชเวดากอง หอสมุดปิฎก และหอจดหมายเหตุ การก่อสร้างเริ่มต้นเมื่อวันที่ 14 ตุลาคม พ.ศ. 2532 และแล้วเสร็จและเปิดใช้งานเมื่อวันที่ 14 กรกฎาคม พ.ศ. 2535 แบบอาคารร่างโดยสถาปนิกจากกรมโยธาธิการ และการก่อสร้างดำเนินการโดยกระทรวงอุตสาหกรรมหมายเลข 2 ในปี พ.ศ. 2556 รัฐบาลได้นำการจัดตั้งคณะกรรมการหลายชุดเพื่อยกระดับและยกระดับพิพิธภัณฑ์พระพุทธรูป
พิพิธภัณฑ์ตั้งอยู่ติดกับบริเวณด้านเหนือของเจดีย์ชเวดากอง เดิมทีชั้นบนสุดเป็นพิพิธภัณฑ์หลัก ชั้นกลางเป็นหอสมุดปิฎก และชั้นล่างเป็นหอจดหมายเหตุ อาคารสามชั้นนี้เปิดเป็นพิพิธภัณฑ์ ห้องสมุดปิฏก และหอจดหมายเหตุ เมื่อวันที่ 14 กรกฎาคม พ.ศ. 2535 ในปี พ.ศ. 2556 แผนการปรับปรุงอาคารทั้งหมดให้ทำหน้าที่เป็นพิพิธภัณฑ์พระพุทธเจ้าเพียงอย่างเดียว นำไปสู่การย้ายห้องสมุดปิฏกชั้นกลางไปยังห้องสมุดดอว์หล่าซินปิฏก บนถนนอารซานี และย้ายหอจดหมายเหตุชั้นหนึ่งไปยังห้องสมุดอู อน ขิ่น (พยาปน) ปิฏก อาคารทั้งหมดได้รับการปรับปรุงและเปิดเป็นพิพิธภัณฑ์พระพุทธเจ้าอีกครั้งเมื่อวันที่ 18 มีนาคม พ.ศ. 2559
พิพิธภัณฑ์พระพุทธเจ้าจัดแสดงวัตถุทางศาสนาต่างๆ โบราณวัตถุที่เกี่ยวข้องกับพระพุทธศาสนา ศิลปวัตถุทางวัฒนธรรมดั้งเดิมของเมียนมาร์ และงานศิลปะโบราณหายากให้สาธารณชนได้ชม